Pendant cinq ans, une équipe internationale de scientifiques répartie entre le Danemark, le Canada et la France a étudié les fèces de 647 bébés danois. Il est ressorti de l’analyse du contenu de ces milliers de couches une découverte étonnante : elles contenaient quelque 10 000 espèces de virus, soit dix fois plus que le nombre d’espèces bactériennes présentes chez les mêmes enfants… Et ce n’est pas tout : la plupart de ces virus n’avaient jamais été décrits auparavant.
Cette constatation risque d’inquiéter de nombreux lecteurs et parents… Les virus n’ont jamais vraiment eu bonne réputation, et la situation ne s’est pas améliorée ces dernières années. Mais ce que beaucoup ignorent, c’est que l’écrasante majorité des virus ne rendent pas les gens malades – ils n’infectent d’ailleurs pas du tout les humains ou les animaux.
Les virus dont il s’agit ici sont surtout des « bactériophages » : c’est-à-dire que ce sont des virus qui infectent exclusivement les bactéries ; ce sont eux qui constituent la grande partie de notre microbiome. Et ce sont des bactériophages qui ont été trouvé en abondance dans les couches des bébés – environ 90 % des virus trouvés lors de l’étude étaient des tueurs de bactéries.
D’où proviennent-ils ? Du microbiote intestinal… Le microbiome intestinal humain est en effet un ensemble complexe de micro-organismes, comprenant des bactéries et des archées (deux grands groupes d’organismes unicellulaires sans noyau), des eucaryotes (cellules avec un noyau, comme les nôtres) microbiens et des virus.
La composante virale du microbiome intestinal, ou « virome », est principalement constituée de bactériophages qui contribuent au maintien d’un microbiome global sain et diversifié. Car ce n’est pas la présence des microbes qui est problématique, mais un déséquilibre entre ses différentes composantes…
Un atlas pour les ranger tous
Si constater que les couches des bébés sont des réserves de virus est intéressant, pour les spécialistes ce n’est que le début du travail. Ils ont ensuite cherché à savoir combien parmi ces 10 000 virus étaient connus et inconnus… et comment décrire au mieux cette diversité virale inédite sous une forme accessible. Ce qui est complexe.
Les présenter tous dans un immense tableau serait d’une lecture plutôt ennuyeuse (et peu pratique). Ils ont donc plutôt créé un « atlas de la diversité des virus de l’ADN de l’intestin du nourrisson », dans lequel ils ont regroupé et classé les virus en nouvelles familles et ordres – en fonction du degré de similitude de leurs génomes. Ce faisant, ils ont identifié 248 familles, dont 16 seulement étaient déjà connues.
Les chercheurs ont proposé de nommer les 232 familles de virus identifiées nouvellement d’après les enfants qui ont participé à l’étude – comme « Sylvesterviridae », « Rigmorviridae » et « Tristanviridae », etc.
Ce qui est intéressant avec les bactériophages et les autres virus présents dans l’intestin, c’est que chaque personne en possède un « assortiment » unique, avec très peu de chevauchement entre deux personnes.
De plus, si chaque virome intestinal est unique, il est également stable dans le temps chez les adultes : ce qui signifie que vous portez avec vous le même ensemble de virus en vieillissant. Mais les choses sont différentes au début de la vie. Juste après sa naissance, un bébé a un virome est très différent de celui qu’il aura adulte. Il lui faudra des années pour constituer et stabiliser son virome définitif.
Il était donc également intéressant de comparer les quelque 10 000 virus identifiés dans l’étude à de vastes collections de viromes de référence d’adultes en bonne santé… C’est ainsi que les chercheurs ont constaté que seuls 800 de ces virus avaient déjà été découverts auparavant !
De quoi confirmer qu’après la naissance, les premiers bactériophages à coloniser le tractus gastro-intestinal (tube digestif) des bébés lors de leurs premiers mois de vie ne resteront pas : ces « bactériophages de bébés » seront progressivement et largement remplacés par des « bactériophages d’adultes ». Il va ainsi y avoir un remaniement massif du virome, qui se fera de façon spécifique chez chacun !
Comme le rappellent les auteurs de l’étude, la mise en place de son microbiome intestinal au cours de ses premières années de vie va jouer un rôle essentiel dans la maturation du système immunitaire du nourrisson.
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Un grand remplacement intestinal
Ce remplacement pourrait être partiellement lié aux évolutions des bactéries que ces virus infectent. Par exemple, Bacteroides, Faecalibacterium et Bifidobacterium sont les principaux hôtes prédits pour les bactériophages pour bébés.
Spécialiste des bactériophages et de leurs hôtes, j’aimerais en l’occurrence souligner l’importance des espèces de Bifidobacterium pour la santé des nourrissons. Ces bactéries contribuent en effet à la digestion du lait maternel et sont donc primordiales au début de la vie ; elles se font par contre moins abondantes avec l’âge. Il est donc logique que les virus qui infectent les Bifidobacterium soient plus présents chez les bébés et moins chez les adultes.
Inversement, le groupe le plus abondant de bactériophages intestinaux adultes, celui des membres de l’ordre des Crassvirales, n’est pas aussi répandu dans les selles des bébés. Ils les acquièrent donc plus tard, en vieillissant.
Avec l’ajout de ces 10 000 nouvelles espèces de virus, appartenant à de nombreuses familles jusque-là inconnues, à partir d’un seul groupe de plusieurs centaines de bébés danois, il est clair qu’il y a plus de choses que nous ne savons pas sur le virome que de choses que nous savons. La communauté scientifique y travaille, une couche à la fois…
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