16 nouveaux virus géants découverts dans des sols forestiers

Santé

Des chercheurs américains ont découvert par hasard 16 nouveaux virus géants dans le sol de la forêt de Harvard. Certains d'entre eux possèdent les plus grands génomes jamais décrits pour des virus.

Les virus sont des agents infectieux que l'on imagine en général plus petits que des bactéries ou des cellules humaines. Mais cette conception a été complètement bouleversée ces dernières années par la découverte de virus géants dans des milieux aquatiques ou dans le pergélisol. Les virus géants déjà connus, comme les mimivirus, pandoravirus, Tupanvirus, infectent souvent des cellules eucaryotes, amibes ou algues.

Mais voici que des chercheurs américains ont découvert par hasard 16 nouveaux virus géants dans un échantillon de sol prélevé en mai 2017 : dans le cadre d'une étude sur le climat, les scientifiques cherchaient, en fait, des bactéries pour savoir comment elles s'adaptaient à l'élévation de température. Pour leurs expériences, ils ont mis en suspension les cellules microbiennes avec une solution de détergent doux qui contenait un colorant de l'ADN. Puis, ils ont utilisé la cytométrie de flux pour isoler les cellules. Comme les virus géants ont des tailles similaires à celles des bactéries, ils pouvaient eux aussi être identifiés de cette façon.

Grâce à la technique de « mini-métagénomique », généralement utilisée pour les milieux aquatiques, 2.000 cellules ou particules ont été séquencées, faisant apparaître 16 nouveaux virus géants. Ces virus représentaient de nouvelles lignées virales ou étaient proches d'autres virus géants connus : les Klosneuvirus, le virus CroV (un virus de la famille des Mimiviridae) ou les Tupanvirus. Les chercheurs ont noté un nombre important de gènes -plus de 240 - codant pour des protéines de la capside, la structure protéique qui enveloppe le génome.

Une diversité microbienne à explorer

Les chercheurs ont baptisé les virus avec des noms évoquant leur origine : Dasovirus, du grec daso, pour forêt, ou Solumvirus, du latin solum, pour sol. Ils proposent aussi d'en appeler un Harvovirus, en l'honneur de la forêt de Harvard où il a été trouvé. Un autre virus, dont le génome compte 2,4 millions de paires de bases, a été nommé Hyperionvirus en référence à l'arbre le plus haut du monde, un séquoia. Hyperionvirus possède le plus gros génome identifié dans la famille des Mimiviridae.

Dans un communiqué, Frederik Schulz, l'un des auteurs de la publication parue dans Nature Communications, a expliqué : « Le fait que nous ayons trouvé tous ces génomes de virus géants dans le sol était particulièrement intriguant, car la plupart des virus géants décrits précédemment ont été découverts dans des habitats aquatiques. Les données métagénomiques générées ici, à partir d'un seul site d'échantillonnage, contenaient beaucoup plus de nouveaux génomes de virus géants que n'importe quel ensemble de données que j'ai vu à ce jour. »

Si 16 nouveaux virus géants ont pu être identifiés dans un seul échantillon de sol, on peut imaginer que ces micro-organismes sont bien plus nombreux et répandus sur Terre... Les écosystèmes microbiens du sol ont encore beaucoup de choses à nous apprendre !

Ce qu'il faut retenir
  • Des chercheurs américains ont trouvé 16 nouveaux virus géants dans le sol de la forêt de Harvard.
  • L’un d’eux, appelé Hyperionvirus, possède le plus gros génome connu pour un virus.
  • Jusqu’à présent les virus géants avaient été identifiés dans des milieux aquatiques ou le pergélisol.

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